تکنیک ISSR، یک روش مبتنی بر PCRاست که شامل تکثیر یک قطعه DNA حاضر در فاصله تکثیر پذیر میان دو ناحیه تکراری ریز ماهواره منحصر به فرد با جهات مخالف می باشد. این تکنیک، معمولا از میکروساتلیت‌ها (ریزماهواره‌های) با طول16-25 bp، بعنوان پرایمر یک واکنش تک پرایمری که لوکوس‌های چندگانه ژنومی را برای تکثیر توالی های بین ریزماهواره‌ای با اندازه‌های مختلف، هدف می‌گیرد بهره می برد. تکرارهای ریزماهواره مورد استفاده بعنوان پرایمر، می توانند دو، سه، چهار یا پنج نوکلئوتیدی باشند. پرایمرهای مورد استفاده می توانند به هر نقطه ای از DNA متصل شوند اگرچه معمولا در انتهای 3’ یا 5’خود به یک تا چهار باز متصل بوده و براساس آنها، گسترش می یابند (شکل 1). 

مقدمه

این تکنیک بیشتر مزایایAFLP و ریزماهواره را با جامعیت رپید ترکیب کرده است. تکرارپذیری بالایISSRs احتمالا به سبب استفاده از پرایمرهای طولانی تر (16–25 mers) در مقایسه با پرایمرهای کوتاهتر رپید (10- mers) می باشد که این امر امکان استفاده از دمای بالای اتصال(45 الی 60 درجه سانتیگراد) را فراهم می کند که منجر به افزایش احتمال اتصال پرایمر به نقاط مشخصی از DNA (تکرار پذیری بیشتر) می شود. مطالعات در مورد تکرار پذیری نشان می دهد که تنها ضعیف ترین باندها تکرار پذیر نیستند. در حدود 95-92 درصد قطعات امتیاز داده شده می توانند در طول نمونه های DNA رقم و در طول دوره های مجزای PCR تکرار شوند وقتی با استفاده از پلی اکریل آمید شناسایی شدند.10 نانوگرم DNA الگو، همان محصولات تکثیری را که 25 و یا50 نانوگرمDNA الگو در هر 20 میکرولیتر PCR تولید می کنند، تولید خواهد کرد. دمای اتصال به درصد پرایمر مورد استفاده بستگی دارد و معمولا از 45 تا 65 درجه سانتیگراد است.